23 января 1918 г. Совнарком принял декрет «Об отделении церкви от государства и школы от церкви», положивший начало гонениям на церковь. 1 февраля 1918 г. святейший патриарх Тихон обратился с посланием к архипастырям, пастырям и всем чадам Православной Церкви российской, в котором писал:
«Тяжкое время переживает ныне Святая Православная Церковь Христова в Русской земле: гонение воздвигли на истину Христову явные и тайные враги сей истины и стремятся к тому, чтобы погубить дело Христово и вместо любви христианской всюду сеют семена злобы, ненависти и братоубийственной брани…
Опомнитесь, безумцы, прекратите ваши кровавые расправы. Ведь то, что творите вы, не только жестокое дело, это поистине дело сатанинское, за которое подлежите вы огню геенскому в жизни будующей – загробной и страшному проклятию потомства в жизни настоящей – земной.
Властию, данною нам от Бога, запрещаю вам приступать к Тайнам Христовым, анафематствуем вас, если только вы носите еще имена христианские и хотя по рождению своему принадлежите к Церкви Православной».
Вскоре началась Гражданская война, разделившая страну на противостоящие друг другу военные лагеря и прервавшая связь между патриархом и епархиальными архиереями. Епархии Сибири и Дальнего Востока вынуждены были перейти на самоуправление.
В ноябре 1918 г. в Томске состоялось Сибирское церковное совещание. В нем участвовало 13 архиереев, возглавлявших епархии Поволжья, Урала, Сибири и Дальнего Востока, а также 26 членов Всероссийского поместного собора из духовенства и мирян. Почетным председателем совещания был избран митрополит Казанский Иаков (Пятницкий), а председателем – архиепископ Симбирский Вениамин (Муратовский). На совещании было образовано Высшее временное церковное управление Сибири (ВВЦУС) во главе с архиепископом Омским Сильвестром (Ольшанским). В ВВЦУС вошли архиепископ Симбирский Вениамин, епископ Уфимский Андрей (Ухтомский), священник Иаков Галахов, священник Владимир Садовский, профессора Прокошев и Писарев.
Свою деятельность архиепископ Сильвестр начал с того, что отменил безбожный декрет советской власти «Об отделении церкви от государства и школы от церкви». Церкви были возвращены земли и собственность, в школах восстановлено преподавание Закона Божия.
Когда адмирал Колчак пришел к власти, архиепископ Сильвестр 29 января 1919 г. привел его к присяге как Верховного правителя России. Для укрепления духа и нравственности офицеров и солдат белой армии архиепископ Сильвестр восстановил институт военных священников, и в армию им было направлено более 2 000 пастырей. Церковное управление Сибири разослало более 60 000 воззваний, в которых разъяснялась антихристианская сущность большевизма.
Осенью 1919 г. войска армии адмирала Колчака начали отступление, и к концу 1919 г. белая армия оставила Омск. Захватив город, большевики сразу же арестовали архиепископа Сильвестра. В течение 2 месяцев его истязали в тюрьме, требуя у него признания. Ничего не добившись, безбожники подвергли святителя жестокой и мучительной смерти. Прибив его руки гвоздями к полу и таким образом его распяв, они раскаленными шомполами прижигали его тело, а затем так же пронзили сердце. Архиепископ Сильвестр принял мученическую кончину 26 февраля 1920 г.
В 1919 г. ВВЦУС назначил на Владивостокскую кафедру епископа Михаила (Богданова).
Родился будущий святитель 6 ноября 1867 г. в семье священника рязанской епархии. В 1888 г. окончил Казанскую духовную семинарию и был назначен псаломщиком. 22 ноября 1892 г. рукоположен во священники. В 1895-1896 г.г. исполнял обызанность настоятеля Кирилло-Мефодьевской церкви в Казани.
Овдовев, в 1896 г. поступил в Казанскую духовную академию, которую закончил в 1900 г. со степенью кандидата богословия. Назначен законоучителем Порецкой учительской семинарии Симбирской губернии.
В 1902 г. пострижен в монашество и назначен инспектором Харьковской духовной семинарии, а в 1905 г. возведен в сан архимандрита и назначен ректором Казанской духовной семинарии. В 1906 г. получил степень магистра богословия.
30 августа 1907 г. рукоположен во епископа Чебоксарского, викария Казанской епархии. С 1 июля 1914 г. – епископ Самарский и Ставропольский. Указом Временного правительства от 15 апреля 1917 г. был вызван на летнюю сессию Святейшего Синода. 28 января 1918 г. организовал в Самаре многолюдный крестный ход для защиты церковного имущества от притязаний большевиков.
8 июня 1918 г. Самара была занята Чехославацким корпусом и власть перешла к Комучу (комитету Учредительного собрания). Однако 7 октября Красная армия вновь взяла город и епископ Михаил уехал на восток вместе с отступающей Белой армией.
В 1919 г. епископ Михаил благословил епархиальный съезд владивостокской епархии, на котором был избран Епархиальный совет, заменивший Духовную консисторию. После падения Сибирского правительства адмирала Колчака и прекращения деятельности ВВЦУС в 1921 г. епископ Михаил добровольно вошел в состав Архиерейского Собора Русской Православной Церкви Заграницей (РПЦЗ) признав Высшее временное церковное управление заграницей (ВВЦУЗ), а с 1922 г. – Временный Заграничный Архиерейский Синод. Являлся участником Земского Собора во Владивостоке в 1922 г.
Осенью 1922 г. покинул Владивосток и 5 октября 1922 г. сообщил Архиерейскому Синоду Заграницей о своем прибытии в Токио. Проживал при Токийском Воскресенском Соборе, в штаб-квартире Русской духовной миссии в Японии.
После Кантонского землетрясения 1 сентября 1923 г., уничтожившего большую часть зданий Русской духовной миссии, епископ Михаил покинул Токио 10 октября и выехал в Харбин. Скончался 9 июля 1925 г. в Харбине. Похоронен под сводами Софийского храма.
Продолжение следует