4 июня 1898 г. (по старому стилю) император Высочайшим указом учредил самостоятельную Владивостокскую епархию. В соответствии с указом императора Камчатская епархия с 1 января 1899 г. разделялась на два новых округа: Благовещенскую и Владивостокскую епархии. Территории, расположенные по всему течению р. Амур до Николаевска, рек Зеи, Буреи, Амгуни, по нижнему течению р. Уссури, а также морское побережье от залива св. Николая в Охотском море до Императорской гавани в Татарском проливе оказались под управлением Благовещенского епископа. В состав Владивостокской епархии вошли приходы и церкви Владивостока и Южно-Уссурийского края, Камчатки и Чукотки, острова Сахалина и Командорских островов, а также Удская приходская церковь на мысе Чемункан и приписная к ней Аянская церковь.